Henri Nouwen nasceu em Nijkerk, Holanda, em 24 de janeiro de 1932. Ele era o mais velho dos quatro filhos de Laurent J. M. Nouwen e Maria Nouwen, nascida Ramselaar. O pai de Nouwen era advogado tributário e sua mãe trabalhava como contadora no negócio de sua família em Amersfoort. Seu irmão mais novo, Paul Nouwen, era um proeminente empresário holandês, e seu tio, Toon Ramselaar, era um padre católico romano na Arquidiocese de Utrecht e cofundador do Service International de Documentation Judéo-Chrétienne.

Nouwen estudou no Jesuit Aloysius College em Haia antes de passar um ano no seminário menor em Apeldoorn. Seu ano na escola foi gasto se preparando para seis anos de estudo para o sacerdócio, consistindo em treinamento em filosofia e teologia, no seminário maior em Rijsenburg.